Ciele vzdelávania dosahované v študijnom programe infekčné choroby zvierat metodicky vychádzajú z Európskeho kvalifikačného rámca pre celoživotné vzdelávanie (EKR). Ten vymedzuje požiadavky na výstupy vzdelávania pre vedomosti, zručnosti, zodpovednosť a samostatnosť. Pre úroveň 8 sú požadované ako výstupy vzdelávania „vedomosti na najvyššej úrovni v danej oblasti práce alebo danom odbore štúdia, ako aj na rozhraní jednotlivých oblastí/odborov“.

Nositeľmi ťažiskových vedomostí absolventa sú profilové predmety z oblasti nákaz zvierat a ochrany zdravia zvierat, zoonóz a ochrany spoločného zdravia, prediktívnej epizootológie, hodnotenia rizík v epizootológii a prevencii infekčných chorôb zvierat, ktoré majú v informačných listoch popísané vedomosti dosahované ako výstupy vzdelávania. Doplňujúce vedomosti sú dosahované absolvovaním povinne voliteľných predmetov študijného programu z oblasti molekulárnej epizootológie, všeobecnej a špeciálnej virológie, všeobecnej a špeciálnej bakteriológie, diagnostickej patológie, veterinárnej imunológie, infekčných chorôb voľne žijúcej zveri, verejného a súdneho veterinárskeho lekárstva a ekológie a ochrany životného prostredia. Absolvent má rozsiahle odborné vedomosti z viacerých oblastí študijného programu, resp. odboru, ktoré využíva ako základ pre uskutočňovanie výskumu a vývoja v oblasti infekčných chorôb zvierat. Zameriava sa na získanie najnovších teoretických poznatkov založených na súčasnom stave vedeckého poznania v jednotlivých oblastiach infekčných chorôb zvierat. Jeho štúdium nadväzuje na znalosti získané vysokoškolským štúdiom druhého stupňa na veterinárskych a lekárskych univerzitách a vysokých školách (fakultách), ďalej na farmaceutických, prírodovedeckých, príp. iných fakultách medicínskeho a prírodovedného zamerania. Na tejto báze, sú postavené zásady výchovy v 3. stupni pre získanie vedomostí tak, aby absolvent ovládal vedecké metódy výskumu a riešenie problematiky infekčných chorôb zvierat a infekčných chorôb spoločných pre človeka a zvieratá – zoonóz. Absolvent ovláda zákonitosti vzniku, priebehu a zániku infekčných chorôb, ovláda faktory ovplyvňujúce priebeh epizootologických procesov. Pozná biologické vlastnosti etiologických agensov, patogenézu jednotlivých nákaz a imunologické vlastnosti antigénov pre ich využitie a použiteľnosť v prevencii nákaz. Ovláda rôzne formy a spôsoby depistáže a monitoringu infekčných chorôb; je schopný samostatne vykonávať surveillance nákaz (vrátane zoonóz), epizootologické analýzy a prognózovanie nákazových situácií. Dokáže definovať a vyhodnocovať riziká v epizootológii, vypracovávať preventívne opatrenia na ochranu zdravia zvierat a spoločného zdravia zvierat a ľudí (One health). Pre úroveň 8 sú požadované „najviac pokročilé a špecializované zručnosti a techniky vrátane schopnosti syntézy a hodnotenia, ktoré sa požadujú na riešenie zásadných problémov v oblasti výskumu a/alebo inovácie a na rozšírenie a nové vymedzenie existujúcich vedomostí alebo odborných postupov“.

Absolvent študijného programu infekčné choroby zvierat pozná najmodernejšie metódy využiteľné pri diagnostike, diferenciálnej diagnostike, prevencii, tlmení a terapii infekčných chorôb. Absolvent získa vedomosti pre vyvíjanie nových diagnostických metód, nových imunologických preparátov, liečiv, prístrojov a nástrojov. Osvojuje si schopnosti organizovať epizootologický prieskum v teréne, právne a environmentálne aspekty tlmenia nákaz, etické a spoločenské stránky vedeckej práce, správny spôsob prezentácie výsledkov svojej práce a zásady pre rozvoj študijného programu a prínos pre prax.

Je technicky zručný nie len pri bežných laboratórnych postupoch, ale aj pri práci so softvérovo náročným prístrojovým vybavením epizootologického prieskumu. Dokáže formulovať vedecké problémy, vykonávať tvorivý, nezávislý výskum a samostatne prezentovať výsledky svojej práce v medzinárodne akceptovaných časopisoch, resp. prezentovať ich na vedeckých podujatiach. Výsledkami tvorivej experimentálnej práce prispieva nielen k rozvoju vedy a vedeckého poznania, ale ich náležitá vedecká hodnota umožňuje ich aplikáciu v humánnej a veterinárnej medicíne, poľnohospodárstve, vo farmakológii a pri ochrane zdravia živočíchov a samotného človeka. Zodpovednosť a samostatnosť definovaná pre úroveň 8 je „schopnosť prejavovať značnú autoritu, inováciu, samostatnosť, vedeckú a odbornú bezúhonnosť, trvalý záväzok rozvíjať nové myšlienky alebo postupy, ktoré sú v popredí daného pracovného alebo študijného prostredia vrátane výskumu“.

Absolvent sa vyznačuje nezávislým, kritickým a analytickým myslením. Zohľadňuje spoločenské, vedecké a etické aspekty pri formulovaní výskumných zámerov a interpretácii výsledkov výskumu. Výsledkami vlastnej tvorivej práce prispieva k rozvoju vedy, vedeckého poznania a aplikácii získaných poznatkov do praxe. Výsledky výskumu a vývoja prezentuje pred odbornou komunitou samostatne. Dokáže určiť zameranie výskumu a koordinovať tím v príslušnom študijnom programe. Na základe svojich výstupov a zistení dokáže samostatne navrhovať, overovať a implementovať nové výskumné a pracovné postupy.

Absolvent študijného programu infekčné choroby zvierat sa vie uplatniť ako infektológ/ epizootológ – expert v základnom a aplikovanom výskume infektologického a epizootologického zamerania v rezorte zdravotníctva, pôdohospodárstva, životného prostredia, obrany a vnútra.

Na základe doterajších dlhoročných skúseností s absolventami študijného programu infekčné choroby zvierat je možné konštatovať, že absolventi nachádzajú uplatnenie na všetkých školách, kde sa v rámci biologických disciplín vyučujú infekčné choroby zvierat, epizootológia, epidemiológia, ďalej na výskumných ústavoch, kde sa riešia teoretické i praktické aspekty problematiky infekčných chorôb zvierat, zoonóz, ochrany zdravia zvierat a človeka pred nákazami prenosnými zo zvierat. Nájde uplatnenie v rezorte zdravotníctva, pôdohospodárstva, životného prostredia, obrany a vnútra, najmä v laboratóriách zaoberajúcich sa diagnostikou infekčných chorôb zvierat, infekčnými agensami, ako pôvodcami zoonóz, epizoócií, enzoócií, epidémií a súčasť biologickej hrozby.