Vedecko-výskumná činnosť katedry je zameraná na riešenie aktuálnych problémov bakteriálnych, vírusových a parazitárnych chorôb zvierat, vrátane zoonóz. Problémy v oblasti výskytu infekčných a parazitárnych chorôb sú riešené komplexne – od analýzy epizootologickej situácie na farmách a v teréne cez izoláciu mikroorganizmov k štúdiu interakcie pôvodca – hostiteľ integrovaním klasických prístupov detekcie s najmodernejšími metódami biologického a medicínskeho výskumu. Ďalšou významnou vedecko-výskumnou činnosťou pracoviska je ochrana produkčných a spoločenských zvierat pred nebezpečnými nákazami, čo prispieva k výraznému ekonomickému rastu chovov a skvalitneniu welfare zvierat. V prípade zoonóz pracovisko významnou mierou prispieva k zabezpečeniu verejného zdravia.
Pracovisko epizootológie zameriava svoju vedecko-výskumnú činnosť na štúdium bakteriálnych a vírusových chorôb zvierat. Časť tímu orientuje vedeckú činnosť na epizootologickú analýzu vírusových infekcií v chovoch hospodárskych zvierat a voľne žijúcej zveri s využitím metód molekulovej epizootológie. V diagnostike infekčných chorôb využíva najnovšie molekulovo-genetické metódy, metódy identifikácie mikroorganizmov, analýzu vírusových genómov a genetickú typizáciu vírusov. Z infekčných agensov tím venuje pozornosť predovšetkým pestivírusom, PRRSV, PCV2, lyssavírusom, herpesvírusom, kampylobakterom a enterálnym infekciám, ktoré infikujú zvieratá a ľudí. Pracovisko okrem klasických metodologických prístupov využíva aj metódy genomiky a proteomiky.
Priority pracoviska parazitológie vo vedecko-výskumnej činnosti sú pre oblasť protozoológie definované sledovaním epizootologických a epidemiologických vzťahov zoonotických protozoárnych infekcií a vektormi prenášaných protozoóz. V oblasti helmintológie analyzujeme výskyt a šírenie filarióz mäsožravcov, ako aj helmintov dravých vtákov na Slovensku; monitorujeme výskyt závažných parazitozoonóz u voľne žijúcich a domácich mäsožravcov (echinokokóza, alveokokóza, toxokaróza) ako aj výskyt tkanivových helmintóz (cysticerkóza, trichinelóza). V oblasti arachnoentomológie zaznamenávame zmeny arachno-entomofauny s dôrazom na diagnostiku hematofágnych artropódov vo vzťahu k celkovým globalizačným zmenám. Zdokonaľujeme metodické postupy laboratórnej detekcie ektoparazitov.